シミュレーションソフトを導入する際は、それぞれの目的にあったものを選ぶ必要があります。今回はそのなかでも「分子動力学」のシミュレーションソフトであるGENESISを紹介します。
本記事を読んでいただくことで、GNESISの特徴や強みを知ることができます。ぜひ最後までご覧ください。
GENESISとは？
GENESISは2009年から理化学研究所計算科学研究センターによって開発されてきた、タンパク質・核酸・脂質・糖鎖などの生体分子の分子動力学のシミュレーションを行うソフトウェアです。
計算生物物理研究チーム、理論分子科学研究室、生体分子機能シミュレーション研究チームを中心に開発されてきたこのツールは、現在オープンソースソフトウェアとして公開されています。
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GENESISの特徴
原子間の相互作用力を、特別な関数や方程式を用いて繰り返し計算することによって、それぞれの原子がどう動くのかを解析します。これらの結果を様々なソフトウェアと併用することで、コンピューター上に可視化した状態で再現することが可能です。
独自の並列化・高速化技術によって高性能マシンを効果的に活用します。一般的なPCやワークステーションなどにも対応しており、これらの技術によって今まで難しかった計算も可能にしています。
GENESISの料金
先にも紹介したとおり、GENESISはオープンソース（フリー）ソフトウェアとして公開されているため利用にかかる料金は無料です。無償で公開する形によって、利用や改変、再配布を誰でも自由におこなう事ができます。
GENESISの評判・口コミ
GENESISにはマシンを効率よく使うためのいろいろな技術や工夫が組み込まれています。これによって大きな作業であっても効率が落ちないことが評価されています。
また、初期設定にかかるプロセスが少ないことでシミュレーションの際の時間が短縮し、その他の作業に時間を割くことができた点でも良い評判が見られます。現在も開発は続いており、今後の発展に期待を寄せる意見があがっています。
まとめ：分子動力学計算ソフトGENESISの可能性
理化学研究所を中心に開発されているGNESISは、どなたでも無料で利用できるオープンソースの分子動力学ソフトウェアです。タンパク質や核酸などの細胞の分子動力学を効率的に計算します。
スーパーコンピュータだけでなく、ワークステーションやPCでも利用できます。そのため様々な分野において応用が可能であり、今後もより幅広く活用されていくのではないでしょうか。
